La investigación en EPOMEX es de gran alcance, comprende por ejemplo, desde la evaluación del riesgo hasta los efectos del calentamiento global en ecosistemas terrestres y acuáticos. Al trabajar estrechamente con los tomadores de decisiones y las partes interesadas, el cuerpo académico se esfuerza por garantizar que sus resultados sean relevantes para la sociedad. Esta continua colaboración mejora la comunicación entre la comunidad científica y la sociedad, y permite que los resultados de la investigación de vanguardia sean utilizados para apoyar la diversidad de la vida y mejorar el bienestar humano.

El enfoque multidisciplinario del Instituto EPOMEX contempla tres Las líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC):

Ecología de Recursos Costeros

Manejo y Aprovechamiento de Ecosistemas

Herramientas de Apoyo para el Manejo Costero